Lúc đó, Mellon vẫn còn lo rằng chưa thể kết tội Capone về tội phạm luật cấm nấu, bán rượu, nhưng ông tin chắc rằng có thể kết Capone về tội trốn thuế thu nhập.

Ít nhất là vài tháng sau đó, Capone không hề biết rằng cảnh sát toàn liên bang vẫn đang tiếp tục cuộc chiến với hắn. Tháng 5/1929, Capone bắt đầu tham gia vào “hội nghị” của gangster toàn nước Mỹ, thảo luận về việc hợp tác nhằm khôi phục những món lợi đã mất trong thời gian qua do sự tấn công của cảnh sát.

Để giảm bạo lực và bắn giết giữa các băng nhóm xuống mức tối đa, chúng đồng ý chia các bang của Mỹ ra thành các vùng ảnh hưởng riêng. Torrio được bầu làm lãnh đạo của “uỷ ban điều hành”, trọng tài phân xử các vụ việc và là người thi hành hình phạt với những kẻ phản bội. Các đại biểu tham gia phiên họp cũng quyết định yêu cầu Capone để lại cho Torrio một phần mảnh đất làm ăn hiện tại của hắn. Tuy nhiên, cuộc thảo luận gặp trở ngại, Capone không hề muốn từ bỏ vương quốc của mình hay chia xẻ nó với ai.

Sau cuộc họp, Capone tới xem phim tại Philadelphia. Khi cuốn phim kết thúc, hai thám tử của cảnh sát đã bám sát hắn. Trong khoảng vài giờ sau đó, Capone đã bị bắt vì tội mang vũ khí theo người.

Khi bị bắt, Capone tháo ngay chiếc nhẫn cưới của mình và đưa cho luật sư riêng để ông ta đưa lại cho anh trai hắn là Ralph. Thời gian đầu, hắn bị giam tại nhà tù Holmesburg, sau đó đến nhà trừng giới Eastern và hắn ở lại tại đó cho đến ngày 16/3/1930. Ralph, Jack Guzik và Frank Nitti, những người thân cận nhất của Capone bị toà án đưa ra xử vì các tội làm ăn gian lận trong thời gian này.

Cú đánh thứ hai vào tổ chức của Capone là việc bắt Ralph vào tháng 10 cùng năm đó về tội trốn thuế. Để cảnh cáo các băng nhóm xã hội đen khác, cảnh sát đã bắt Ralph ngay tại một trận đấu quyền anh và giải hắn đi với chiếc còng số 8. Vụ bắt giữ làm tăng thêm quyết tâm của Elmer Irey, người đã điều tra Ralph trong nhiều năm trước đó.

Ralph kém anh trai mình trong việc che dấu trước các nhà điều tra số tài sản kếch sù mà hắn có được. Kho bạc Liên bang Mỹ và Eliot Ness tập trung vào việc khai thác hắn. Điện thoại của Ralph bị nghe lén. Nels Tessem, nhân viên điều tra về tài chính cuối cùng đã lần ra được những vụ chuyển tiền mà Ralph thực hiện. Nitti và Guzik sau những vụ điều tra về tài chính cũng đã phải ra hầu toà về tội trốn thuế.

Ness thấy đã đến lúc phải chứng tỏ với Toà Đại hình Mỹ rằng Capone đã vi phạm luật cấm nấu và bán rượu. Ông yêu cầu các nhân viên của mình tiếp tục nghe lén điện thoại của Ralph. Tất cả những chứng cứ mà Ness thu lượm được cho phép ông ra lệnh đóng cửa quán South Wabash, thuộc sở hữu của Al Capone. Và liên tiếp sau đó, ông đóng cửa các nhà chứa khác của hắn.

Giữa tháng 3 năm 1930, Capone được tha vì “xử sự tốt”. Một tuần sau đó, ông Frank J. Loesch lãnh đạo Ủy ban chống tội ác Chicago đưa ra danh sách những tên tội phạm nguy hiểm nhất. Đứng đầu trong đó là Alphonse Capone, Ralph Capone, Frank Rio, Jack McGurn và Jack Guzik. Danh sách được tập hợp bởi các nhà báo và được Tổng thống J. Edgar Hoover duyệt giống như danh sách những kẻ bị truy nã gắt gao nhất của FBI.

Từ đây, Al Capone chính thức trở thành “Kẻ thù số 1 của công chúng”. Sự sỉ nhục đối với Al lần này thật lớn, hắn hầu như không còn gì nữa trong mắt người dân Mỹ.