Capone trả lời, với một nụ cười nhẹ: “Lo sợ ư? Ai mà không lo lắng cơ chứ?”. Bergreen sau này nhận xét rằng, đến lúc đó, Capone vẫn tin rằng người của mình đã lo lót được hết với ban hội thẩm và hắn chỉ việc ra trước tòa với một thái độ lịch sự nhã nhặn, cho đến khi được tuyên bố trắng án. Hắn nghĩ mình sẽ thắng; phát biểu trước báo giới, hắn tuyên bố sẽ không hận thù gì họ, hắn hiểu họ phải làm việc của mình.

Đoàn thẩm phán gồm Tổng chưởng lý Georges E. Q. Johnson, một người cao lớn đeo cặp kính gọng sắt, và các thẩm phán Samuel Clawson, Jacob Grossman, Dwight Green và William Froelich. Một nhà báo so sánh đây là cuộc đối đầu trực tiếp giữa Johnson và Capone. Ông nhận xét: “Khuôn mặt nặng nề nhâng nháo của Capone, những nếp thịt nổi gồ lên sau lần cổ áo của hắn như đối lập lại hoàn toàn với vẻ gày gò của Johnson và sự khô cứng trong từng cử động của người thực thi pháp luật”.

Thẩm phán Wilkerson xuất hiện, ông không đội bộ tóc giả thường được dùng trong các vụ xử. Ông làm cả phòng xử án phải sững sờ khi tuyên bố: “Thẩm phán Edwards đang phải điều hành một vụ xử án diễn ra ngày hôm nay. Hãy đưa ban hội thẩm của tôi tới cho ông Edwards và đưa ban hội thẩm của ông ấy sang chỗ tôi”. Capone và luật sư của hắn là Me Michael Ahern hoàn toàn bất ngờ bởi ban hội thẩm mới gồm toàn những người chưa bao giờ xuất hiện trong danh sách mà thuộc hạ của hắn đã mua chuộc.

Ngày 17/10, Johnson đặt bản tóm tắt những cuộc tranh luận trước mặt ban hội thẩm. Sau khi thông báo những gì mà vụ xử sẽ giải quyết, ông tập trung vào Capone:

Tôi khá ngạc nhiên về cách thức mà bị cáo đã sử dụng để tạo ra một huyền thoại quanh cá nhân ông ta. Ông ta là ai mà trong từng ấy năm đã kiếm được nhiều tiền như vậy? Phải chăng ông ta may mắn đào được một kho vàng ở một chân trời nào đó? Phải chăng ông ta là Robin Hood như những thuộc hạ của ông ta miêu tả? Nhưng ông ta có phải là Robin Hood thật sự hay không nếu ông ta mua một chiếc nhẫn kim cương giá 8.000 USD, và ăn một bữa trưa giá 5.000 USD? Số tiền đó có đến với những người nghèo hay không? Không, nó đi tới lâu đài tại Palm Island. Phải chăng ông ta mua chiếc áo sơ mi giá 27 USD để tặng cho những người đang phải run rẩy tại khu Wacker tránh cái lạnh ban đêm? Không.

Tại bất kỳ nơi nào, ở bất kỳ thời điểm nào, đã bao giờ ông ta xuất hiện trong những công việc làm ăn có danh tiếng? Giờ đây ông ta đang có mặt trong tòa án với chiếc thắt lưng đính kim cương, với chiếc áo sơ mi giá 27 USD, những đồ đạc đắt tiền trong căn hộ của ông ta, và khoản 116.000 USD chỉ là để sửa chữa lại căn nhà mà ông ta đang ở. Dù vậy, luật sư của ông ta vẫn sẽ nói cho chúng ta biết rằng ông ta không có một khoản thu nào như vậy cả!

Chiều tối ngày thứ bảy, 17/10/1931, sau 9 giờ nghị án, Capone bị tuyên là có tội trốn thuế. Đúng một tuần sau đó, thẩm phán Wilkerson tuyên án Capone 11 năm cấm cố, phạt tiền 50 triệu USD và phải trả 30.000 USD phí tòa án. Ông cũng từ chối việc đưa Capone tới nhà tù tại Cook mà chuyển hắn tới nhà tù liên bang tại Atlanta.

Báo New York Times sau đó tả lại: “Capone cố gắng cười, nhưng đó là một nụ cười gượng gạo. Hắn liếm cặp môi dày của mình, ngồi bồn chồn trên ghế. Hắn ăn nói lúng búng. Cố tỏ ra thản nhiên, nhưng hắn không thể kiềm chế bản thân hơn được nữa và dường như muốn nổ tung lên vì tức giận. Những ngón tay run rẩy của hắn nắm ra sau lưng, vặn vẹo”.

Khi Capone rời khỏi tòa án, một sĩ quan tiến tới tước hết mọi thứ hắn sở hữu để chính quyền trừ vào khoản tiền mà hắn bị phạt do trốn thuế. Capone mất hết bình tĩnh, hắn xông vào tấn công người cảnh sát, nhưng bị những cảnh sát khác ở xung quanh giữ chặt tại chỗ.

Lời cuối cùng Capone nói với Ness khi ra khỏi tòa: “Vậy đó, tôi đang trên đường để đi thi hành bản án 11 năm. Tôi phải tuân theo thôi, tôi không cảm thấy hận thù ai hết. Có những người may mắn, nhưng tôi thì không. Dù sao thì công việc cũng khiến tôi phải chi quá nhiều tiền bạc, lúc nào cũng phải hối lộ cho các phi vụ buôn xe và bia. Họ làm cho chúng trở nên đúng luật là phải thôi”.

Ness trả lời trước khi quay đi: “Và nếu nó được thực hiện đúng luật, thì ông chẳng còn việc gì phải làm với nó nữa”.

Capone bắt đầu cuộc sống của một tù nhân trong Viện trừng giới tại Atlanta và ngay lập tức có lời đồn rằng hắn sống tại đó xa hoa như một ông hoàng. Tuy có những lời phóng đại về điều đó, nhưng quả thực Capone sống khá hơn hẳn những tù nhân khác vì hắn có rất nhiều tiền nhét trong cán một chiếc vợt tennis mà hắn mang theo mình. Ngoài ra, hắn còn nhận được sự tiếp tế từ phía những tay chân cũ của mình ở bên ngoài.

Năm 1934, Tổng chưởng lý Homer Cummings quyết định dùng nhà tù trên đảo Alcatraz làm nơi giam giữ những tên tội phạm nguy hiểm nhất nước Mỹ. Trong một bài phát biểu trên đài phát thanh, ông thông báo: “Đây là nơi thích hợp để những tên bất hảo trong số tù nhân không ảnh hưởng tới những người tù khác”.

Tháng 8/1934, Capone được chuyển tới nhà tù Alcatraz, những ngày sống an nhàn của hắn đã chấm dứt. Trong cảnh thiếu thốn, những căn bệnh hoa liễu mà hắn mắc phải từ khi còn rất trẻ mau chóng chuyển thành bệnh nặng, tàn phá hệ thần kinh. Đến năm 1938, Capone đã rất yếu và đôi khi không nhận thức được sự vật xung quanh. Vì cư xử tốt nên trong năm cuối thời hạn thi hành án (đã được giảm xuống còn 6 năm, 5 tháng), hắn được chuyển tới khu bệnh viện trên đảo để chữa bệnh. Tháng 11/1939, Capone mãn hạn tù. Hắn được vợ là Mae đưa tới bệnh viện tại Baltimore. Hắn nằm điều trị tại đây cho đến tháng 3/1940.

Trong những năm sau đó, Capone sống trong lâu đài tuyệt đẹp của mình trên đảo Palm. Sức khỏe của hắn suy yếu dần. Mae ở lại cùng Capone cho đến lúc hắn chết vì một cơn đau tim vào ngày 25/1/1947, trong vòng tay người thân.

Sau này, nhà nghiên cứu Begreen đã nhận xét về hắn: “Suốt 48 năm của cuộc đời mình, Capone đã để lại dấu ấn không thể phai mờ trong thế giới ngầm của Chicago. Hắn là tên tội phạm nổi đình nổi đám nhất trong con mắt của người dân Mỹ. Có thể danh tiếng của hắn qua khá nhanh, nhưng chính hắn là kẻ đã tạo ra hình thức tội phạm có tổ chức dưới dạng những doanh nghiệp lớn”.