Ngày nay, điện Hòn Chén được nhiều người biết đến không phải vì đó là một di tích tôn giáo cho bằng đó là một di tích kiến trúc phong cảnh. Công trình kiến trúc tôn giáo ấy đã được người xưa lồng vào trong một cảnh thơ mộng hữu tình của núi sông xứ Huế.
Có một dãy núi thấp ăn từ chân Trường Sơn chạy về phía đồng bằng của Huế, bị một đoạn của sông Hương chặn đầu tả ngạn. Cả dãy núi như bị dồn ép nguồn sinh lực ở đây, tạo thành một ngọn núi có vẻ biệt lập, cây cối mọc xanh um, đứng cheo leo bên bờ vực thằm, đó là chỗ sâu nhất của sông Hương. Người xưa đã chọn hòn núi Ngọc Trản ấy để dựng đền thờ.

Trên đỉnh núi có một chỗ đất trũng xuống, đường kính vài mét, chung quanh có vòng đá dựng như bờ giếng hễ gặp mưa thì nước đọng lại, trông như cái chén đựng nước trong. Cho nên từ xa xưa, hòn núi được đặt tên Ngọc Trản (núi Chén Ngọc) và dân gian gọi là Hòn Chén.

Trong một tờ thần sắc ban cho đền năm 1886, vua Ðồng Khánh đã ví toàn cảnh thiên nhiên ở đó như hình thế một con sư tử đang nằm thò đầu xuống sông uống nước.

Khoảng 10 công trình kiến trúc xinh xắn của ngôi đền đều nằm ở lưng chừng sườn đông nam thoai thoải của ngọn núi, ẩn mình dưới bóng dâm của một khóm rừng cổ thụ tàn lá sum sê. Những hệ thống bậc cấp chạy từ đền cao xuống tận bến nước trong xanh. Mặt sông phẳng lặng như gương, được dùng cho toàn cảnh thiên nhiên và kiến trúc nghiêng mình soi bóng. Dù thuyền cập bến, đứng nhìn lên, khách dễ tưởng mình đang lạc vào một chốn thần tiên.